שמורת עין – גדי היא ללא ספק מהיפות ומהחשובות שבשמורות הטבע בארצנו. שני נחלי איתן עוברים בשמורה: נחל דוד בצפונה ונחל ערוגות בדרומה. ארבעה מעיינות מתוקים נובעים בה: עין דוד בנחל דוד; עין ערוגות בנחל ערוגות; מעיין שולמית ומעיין עין - גדי במדרונות שבין הנחלים.
השפיעה הכוללת של המעיינות מגיעה לכ- 3 מיליון מ'ק בשנה. מקור המים הוא במי הגשמים היורדים בהרי יהודה, מחלחלים למי התהום, זורמים מזרחה מתחת לפני הקרקע ובוקעים בתחומי השמורה.
צירוף המיקום הגיאוגרפי בבקע ים המלח, הנוף המצוקי ומקורות המים המתוקים, מאפשרים למגוון גדול של צמחים ובעלי חיים, האופייניים לאזורים גיאוגרפיים שונים לחיות אלה בצד אלה. צמחים טרופיים אוהבי מים וחום כגון שיטה, שיזף, תפוח סדום ואחרים גדלים לצד צמחי מדבר המותאמים לתנאי חום ויובש. בנוסף לצמחים הטרופיים והמדבריים, בולטת בשפעתה צמחיית הנחלים: קנה, עב-קנה, סוף ואחרים. קירות ומצוקים לחים מעוטרים בטחבים ובשרכים כשערות שולמית.
ייחודה של השמורה בעין - גדי מתבטא גם במספר העופות, הזוחלים, החרקים והיונקים הרב. מבין היונקים ניתן לפגוש בעיקר בעדרי היעלים ובשפנים, בהם ניתן לצפות גם מטווח קצר, תוך כדי טיול בשביליה. גם עקבותיהם של היונקים פעילי הלילה כמו שועלים, זאבים, צבועים ואף נמר נראות לעיתים.
