גן לאומי ירקון מתפרש על 13,000 דונם בין תל אפק (אנטיפטריס), הסמוכה לראש העין, ועד מחלף מורשה. בתוך שטח זה הוכשרו שני מתחמים לקהל: תל אפק והמבצר שבו, הצופה על מעיינות הירקון, ומתחם 'מקורות הירקון', סביבתו של נחל הירקון על צמחייתו ובעלי החיים המאפיינים אותו.
המבנים הבולטים ביותר במתחם תל אפק הן חומות המבצר העות´מני, בינאר באשי, שנבנה בשנת 1571 בראש התל הקדום. מהמבצר נראים היטב מעיינות ראש העין (מעיינות הירקון), הנובעים למרגלות תל אפק. במדרון המזרחי של התל נמצאים מתקני שאיבה נטושים מתקופת המנדט הבריטי, שבעת ההיא הוליכו מכאן את מי מעיינות הירקון לירושלים.
במתחם מקורות הירקון נותרו שרידי עבר מעניינים. טחנת הקמח מיר, מבנה בעל קשתות, היא טחנת הקמח המזרחית ביותר בירקון. מעט מערבה משם שוכנים שרידי 'חצר קאסר', הכוללים חומה, באר ובריכת אגירה. זו הייתה חוותו של סלים קאסר מיפו, שאותה מכר לראשוני פתח תקווה.